堆肥的有机质料中参加高纤维质有机物，如稻秆、麦秆、蔗渣、稻谷等，再协作化肥及土壤微生物一起耕入土中，可得杰出土壤改进之作用。高纤维供给微生物的休息环境 微生物并由堆肥及化肥取得了所需营养而很多繁衍，树立杰出土壤“生物相”。 微生物在土壤中可排泄很多多醣类黏液、促进土壤团粒化，并在土壤中不断缓慢发酵以疏松土质。
秸秆纤维质可助土壤吸水性、空地度及排水性，直接促进土壤“物理相”。土壤微生物然后休息繁衍 并排泄很多生化物质，包含活性酶、抗菌素、抑虫素、溶磷物质、维生素、促长素等等，以改进土壤的“生化相”。秸秆纤维质、有机、无机肥份与菌种的一起投入能促进有利微生物的繁衍从而同步改进土壤 “生物相”、“物理相”及“生化相”之平衡 到达完善土壤改进的作用。
多雨的时节农作物因根部浸水而腐朽，其实烂根的主凶并不是单纯的水分而是溶于水中的硫化氢、氨气、甲硫醇等毒素。这些有害化学气体一部分由蛋白质分化及氮肥脱氨而发生，别的也有一部分硫化氢由土壤中厌气性菌，如硫酸还元菌上肥不妥所发生的氨气，对生物、环境空气有害，在淹水状态下繁衍而发生，这些气体溶于水中触摸根部，将会毒害安排而形成烂根，一起病害菌就乘机侵入根部而形成各种病害及落花、落果等现象。
土壤微生物群中，如光组成菌，它在淹水缺氧的条件下 可利用硫化氢、二氧化碳、水及日光或热能，将之转化成单醣类及硫酸根，而硫酸根又能与氨组成为硫酸氨，成为植物的营养。不光发生葡萄糖又使硫化氢、氨气的毒性从泥水中消失，并且还能把它们转变成有用的营养，一箭双雕，这便是有利土壤微生物的一大劳绩。
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